Das Alter des Puppenstadiums, das etwa 50% der gesamten juvenilen Entwicklungszeit einnimmt, kann bislang nur durch Weiterzucht lebenden Materials oder komplizierte Freipräparation eingegrenzt werden. Hier stellen Genexpressionsanalysen eine geeignete Erweiterung des Methoden-Portfolios dar.
Das Transkriptom verschiedener Entwicklungsstufen der Puppen einer der häufigsten Schmeißfliegenarten Europas, Calliphora vicina, wird mittels MACE (Massive Analysis of cDNA Ends), einer digitalen hochauflösenden Genexpressions-Profiling Methode analysiert. Bei einer bis zu 20-Mal niedrigeren Sequenziertiefe als RNAseq erfasst MACE selbst Transkripte, die in einer niedrigen Kopienzahl vorliegen, aber häufig in entscheidende Prozesse involviert sind. MACE quantifiziert diese „low-level“ Transkripte äußerst exakt.
Für jedes Entwicklungsstadium der pupalen Entwicklung werden spezifische Transkripte ermittelt, die im jeweiligen Stadium einen signifikanten Anstieg der Genexpression aufweisen.
Diese Gene sollen als Grundlage zur Entwicklung von Genexpressionsassays dienen. Es werden zudem verschiedene Entwicklungstemperaturen untersucht, um die Reproduzierbarkeit der Aktivitätsmuster für die unterschiedlichsten Temperaturen zu validieren und so eine auf den Tag genaue Eingrenzung des Puppenalters zu ermöglichen.