Dr. Senckenbergische Institute für Pathologie & Humangenetik

Senckenberg Biobank (SBB)

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Senckenberg BioBank (SBB)

Die Dr. Senckenbergischen Institute für Pathologie & Humangenetik betreiben eine Gewebe- und Datenbank für Tumorerkrankungen. Die Senckenberg Bio- und Datenbank (SBB) ist Teil der onkologischen Sammlung der UCT Biobank, die wiederum Teil der interdisziplinären Biomaterial- und Datenbank Frankfurt (iBDF); eine Core Facility für die verschiedenen Bioprobensammlungen am UKFFM. 

Nach Einwilligung des Patienten kann das Gewerbe dauerhaft in Stickstoff gelagert werden. So sind die Voraussetzungen für weiterführende moderne Untersuchungen und wissenschaftliche Studien auf molekularer Ebene gewährleistet. Diese umfassen zukunftsweisende Technologien und sollen neue innovative Tumortherapien ermöglichen.

Direktor SBB: Prof. Dr. med. Peter J. Wild
Operative Leitung: Frau Julia Bein, julia.bein@unimedizin-ffm.de
Strategische Leitung: Frau Dr. Anna Laib, anna.laib@unimedizin-ffm.de 

Kontakt für allgemeine Anfragen: sbb.pathologie@unimedizin-ffm.de
 

Team

Operative Leitung:
Julia Bein, M. Sc.
Julia.Bein@unimedizin-ffm.de 

Labor:
Nina Becker
Regina Leichner
Vivienne Van Oostendorp

Bioinformatik:
Dr. rer. nat. Claudia Döring
claudia.doering@unimedizin-ffm.de 

Bereitschaftsdienst Senckenberg Biobank:
Kurzwahl: 1791319

 

Allgemein

Was ist die Senckenberg Biobank?

In der Senckenberg Biobank (SBB) werden Restgewebe gesammelt, welche im Dr. Senckenbergischen Institut für Pathologie (SIP) nach Durchführung aller für die Diagnostik benötigten Schritte übrigbleiben. Gesammelt werden Bioproben von Tumorgeweben und angrenzenden Normalgeweben sowie Tumormetastasen. Blut, Urin, Stuhl, Serum, andere Körperflüssigkeiten und Organoide prozessiert die SBB nicht. Die Bioproben werden nach Projektantrag und Bewilligung für Forschungsprojekte prozessiert.

Die Senckenberg Biobank ist Teil der onkologischen Sammlung der UCT Biobank, die wiederum Teil der interdisziplinären Biomaterial- und Datenbank Frankfurt (iBDF), ein Netzwerk verschiedener Bioprobensammlungen am UKF, ist.

https://www.uct-frankfurt.de/fileadmin/media/standards/Printmedien/flyer/­160317_UCT_Flyer_Biobank_web.pdf

Welche Arten von Bioproben werden in der Senckenberg Biobank gesammelt?

Die SBB sammelt native, kryokonservierte und fixierte, in Paraffin (FFPE) eingebettete Bioproben. Die Bioproben sind Restmaterialien der regulären Krankenversorgung.

Wie erreiche ich die Senckenberg Biobank?

Sie finden uns im Dr. Senckenbergisches Institut für Pathologie auf dem Campus Niederrad des Universitätsklinikums Frankfurt. Sie erreichen unser Team werktags unter sbb.pathologie@unimedizin-ffm.de. Der Bioproben-Bereitschaftsdienst ist intern via 1791319 immer werktags zwischen 9.00 Uhr und 15.30 Uhr für die Abholung von nativen Bioproben aus den Operationssälen und speziellen Studienbioproben (DKTK Master, DKTK Inform) erreichbar.

Welche Voraussetzungen muss ich erfüllen, um Bioproben zu bekommen?

Für den Zugriff auf onkologische Bioproben ist die Einreichung einer Projektskizze bei der UCT Biobank notwendig. Im Rahmen dieses Bewilligungsprozesses erfolgt für lokale Wissenschaftler auch die Einholung eines Ethikvotums für das Projekt.

Technisches

Welche Techniken werden in der Senckenberg Biobank durchgeführt?

Unser Team beherrscht die best practise des Zuschnitts von nativen Bioproben sowie alle Mikrotomietechniken von Kryogeweben oder Geweben in Paraffinkapseln. Wir arbeiten interdisziplinär mit allen anderen Abteilungen des Dr. Senckenbergisches Instituts zusammen und können somit histologische und immunhistochemische Färbungen vollautomatisch durchführen und auf Anfrage etablieren. Im Speziellen arbeitet unser Team an der Herstellung von Multigewebeblöcken (kurz TMA; Tissue Micro Array) und der Digitalisierung von Objektträgern.

Qualitätsmanagement/Zertifikate

Wer bestätigt mir die Eignung der Bioproben?

Die Bioproben werden vor Ausgabe auf Eignung durch unsere Fachpatholog*innen geprüft. Dies ist ein fester Bestandteil unserer Qualitätssicherung.

Warum können Bioproben nicht verfügbar sein?

Jede Bioprobe ist einzigartig und erschöpflich. Deswegen arbeiten wir mit größter Sorgfalt, um diese nicht aufzubrauchen und sie somit lange für Patient*innen und Forschende zu erhalten.

Was sind Kryo-Bioproben und wie entstehen sie?

Native Bioproben von Tumorgeweben und angrenzenden Normalgeweben sowie Tumormetastasen werden innerhalb kürzester Zeit nach Entnahme in flüssigem Stickstoff asserviert, um eine bestmögliche Probenqualität zu gewährleisten.

Was sind FFPE Bioproben und wie entstehen sie?

FFPE steht für Formalin-fixiert Paraffin-eingebettet und ist eine Technik, um native Bioproben für eine Langzeitasservierung haltbar zu machen. Es ist die Standardmethode in Pathologien. Die von den Patholog*innen zugeschnittenen Bioproben werden in kleine Kunststoffkassetten gegeben und die Fixation erfolgt in einer 10 % gepufferten Formaldehydlösung (ca. 4% Formalin, neutral gepuffert). Die Entwässerung der in Formalin fixierten, zugeschnittenen Bioprobe ist Vorbedingung zur Paraffininfiltration und geschieht durch die Behandlung mit Alkohollösungen steigender Konzentration. Weiterhin wird die Bioprobe mit flüssigem Paraffin infiltriert. Erst eine paraffininfiltrierte Bioprobe kann in dünnsten Schichten geschnitten werden, ohne dass hierbei für die Befunderstellung relevante Strukturen zerstört werden. Dem Ausgießen und damit der Herstellung von Paraffinblöcken kommt bei der qualitätsorientierten Aufarbeitung der Bioprobe eine besondere Bedeutung zu. Nur die optimal ausgerichtete und in einer Ebene gleichmäßig ausgegossene Bioprobe kann bei der nachfolgenden Herstellung von Paraffinschnitten ohne unnötigen Probenverlust bearbeitet werden.

Was ist ein Leerschnitt/Paraffinschnitt?

Ein Leerschnitt (engl. = unstained slides; ungefärbter Schnitt) ist ein dünner Querschnitt von Bioproben (FFPE oder Kryo-Probe). Dieser Leerschnitt ist wenige Mikrometer dick und wird mit Wärme auf einem Objektträger appliziert. Nach einer kurzen Trocknungsphase kann der Leerschnitt als Ausgangsmaterial für alle Färbetechniken oder auch zur Gewinnung von Nukleinsäuren und Proteinen für molekularbiologische Analysen dienen. Eine Langzeitlagerung von Leerschnitten wird nicht empfohlen.

Was ist ein TMA?

Ein TMA ist ein Tissue Micro Array (deutsch = Multigewebeblock). Eine kleine zylinderförmige Probe kann dabei aus einer Spender-FFPE Probe entnommen werden und mit bis zu 200 anderen Zylindern anderer Proben auf einer Empfängermatrix aus Paraffin zusammengefügt werden. Als Ergebnis lassen sich bis zu 200 Präparate auf einer Matrix abbilden, färben und analysieren.

Klinische Studien inkl. IIT

Wie kann ich einzelne Bioproben für klinische Studien anfordern?

Gemäß unserer Qualitätssicherung können Sie Bioproben mit dem offiziellen Anforderungsformular via Fax anfordern. Auf diesem Formular werden alle nötigen Informationen angegeben. Sie bestätigen mit Ihrer Unterschrift Ihre Angaben und das Vorliegen eines gültigen Ethikvotums sowie der Einwilligung der Patient*innen.

Zugangsberechtigte Mitarbeiter*innen erhalten die aktuellen Formulare unter folgendem Link: https://www.uct-frankfurt.de/fuer-aerzte/klinische-studien/interner-bereich/sops-im-ctcn/vbi04.html 

Gelenkte Formulare sind vor der Nutzung auf Aktualität zu prüfen.

Download Anforderungsformular für Bioproben

Anforderungsformular für Bioproben
29.04.2021
pdf / 254 KB

Wie lange dauert die durchschnittliche Bearbeitung einzelner Anforderungen?

In der Regel werden FFPE-Bioproben einzelner Untersuchungen angefordert. Unsere Zielvorgabe ist es, Ihre Anforderung innerhalb von 3 Werktagen zu bearbeiten, nachdem das Biomaterial durch unsere Fachpatholog*innen freigegeben wurde.

Falls Sie mehrere Bioproben anfordern, kann sich die Bearbeitung verzögern.

Was muss ich bei der Initiierung einer neuen klinischen Studie beachten?

Sprechen Sie uns an! Vor der Initiierung einer klinischen Studie können wir Sie bzgl. der Bioproben und vor allem den technischen Limitationen beraten. Insbesondere Biopsien sind nur limitiert verfügbar und schnell erschöpft. Weiterhin können wir Ihnen den Leistungsaufwand für die notwendigen Aufgaben kalkulieren.

Versendet die SBB auch Proben?

Wir stellen die Bioproben zur Abholung zur Verfügung.

Forschung

Ich möchte ein Forschungsexperiment mit mehreren Bioproben planen – was muss ich tun?

Für jedes Projekt, welches auf Patientenmaterial zugreift, benötigen Sie ein durch ein Scientific Board der iBDF bewilligtes Projekt, sowie ein aktuelles Ethikvotum. Die UCT Biobank und wir beantworten Ihre Fragen zu Fallzahlplanungen, wenn gewünscht. Falls Sie technische Fragen zu den Bioproben haben oder an einer Färbetechnik interessiert sind, können Sie uns auch gerne ansprechen. Für eine Auskunft zu assoziierten klinischen Daten wenden Sie sich bitte an uct-biobank@unimedizin-ffm.de oder uct-ibdf@unimedizin-ffm.de.

Für Projektanfragen nutzen Sie bitte unser internes Projektmanagement Formular.

Download Projektanfrage SBB-Formular

Projektanfrage SBB
29.04.2021
pdf / 90 KB

Wie erhalte ich bewilligte native Bioproben?

Native Bioproben werden nach Versorgung der Diagnostik unter Schnellschnittbedingungen bereitgestellt. Wir nehmen dafür von Ihnen Probencontainer mit Medium und den Registrierungsbarcodes im Vorfeld entgegen. Sie werden umgehend telefonisch benachrichtigt, wenn eine Bioprobe zur Abholung bereit ist. Die Entscheidung über Ausgabe und Menge obliegt den diensthabenden Fachpatholog*innen. Die genauen Abläufe erfahren Sie bei Projektplanung/-beginn.

Ist eine wissenschaftliche Kollaboration möglich?

Wissenschaftliche Kollaborationen mit dem Dr. Senckenbergischen Institut für Pathologie sind möglich – sprechen Sie uns an.

Studierende

Ich möchte promovieren – geht das im Dr. Senckenbergischen Institut für Pathologie?

Wir koordinieren auch Projekte von Promovierenden. Die Möglichkeiten sind vielseitig. Wir haben viel Erfahrung und koordinieren aktuell insbesondere retrospektive Projekte mit und ohne Biomaterial. Weiterhin bieten wir je Semester auch Gruppenkonsultationen an, in denen wir technische Inhalte und Softskills über die Gute wissenschaftliche Praxis und das Anfertigen wissenschaftlicher Arbeiten vermitteln.

Wie lauten die Sprechzeiten für Promovierende des Dr. Senckenbergischen Institut für Pathologie?

Immer dienstags zwischen 10.00 – 12.00 Uhr und 16.00 – 17.30 Uhr steht das Team der Senckenberg Biobank für Besprechungen bereit.

Für allgemeine Fragen wenden Sie sich bitte an das Promotionsbüro Ihres Fachbereichs (Promotionsbüro Goethe Universität FB16 Medizin).

Wie lange dauert eine Promotionsarbeit?

Die Dauer einer Promotionsarbeit variiert in Abhängigkeit vom Projekt und den zeitlichen Kapazitäten der Promovierenden. Eine Promotion im Studium, Freisemester oder später ist bei uns möglich. Eine genaue Absprache der zeitlichen Vorstellungen hilft, das richtige Projekt zu finden. Wir richten uns stets nach den Vorgaben der Fachbereiche und Promotionsbüros.

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